राष्ट्रीय महिला आयोग में एक महिला अपने खिलाफ़ होने वाले अपराधों के विरुद्ध शिकायत दर्ज करावा सकती है। इसमें यौन हिंसा, एसिड अटैक, पीछा करना, ताक-झांक, महिला तस्करी, सेक्स वर्क, उत्पीड़न, साइबर अपराध, महिलाओं के प्रति पुलिस की उदासीनता, विवाहित महिलाओं का उत्पीड़न, दहेज प्रताड़ना, घरेलू हिंसा से महिलाओं की सुरक्षा, बच्चों की कस्टडी का महिला को अधिकार, तलाक, महिला को शादी करने की मर्जी, कार्यस्थल पर महिला के साथ होने वाले यौन अपराध, महिलाओं को मातृत्व का लाभ, शिक्षा और काम के लिए समान अधिकार सहित लैंगिक भेदभाव, कन्या भ्रूणहत्या, सती प्रथा, देवदासी प्रथा जैसे अपराधों के ख़िलाफ़ एक महिला राष्ट्रीय महिला आयोग में अपनी शिकायत दर्ज करा सकती है। 

राष्ट्रीय महिला आयोग में एनआरआई सेल, लीगल सेल, पीएमआर सेल (पुलिस मॉनिटरिंग एंड रिसर्च सेल) बनाए गए है। उत्तर-पूर्व के आठ राज्यों की महिलाओं की मदद के उत्तर-पूर्व महिला सेल बनाए हुए है। राष्ट्रीय महिला आयोग से पहले महिला राज्य महिला आयोग से भी मदद मांग सकती है।

शिकायत कैसे दर्ज कराएं
राष्ट्रीय महिला आयोग में मौखिक और लिखित शिकायत दर्ज करवाई जा सकती है। वर्तमान में राष्ट्रीय महिला आयोग में इंटरनेट के माध्यम यानि ऑनलाइन भी शिकायत दर्ज करवाई जा सकती है। राष्ट्रीय महिला आयोग के पास अपनी ऑनलाइन शिकायत दर्ज कराने के लिए आपको एक फॉर्म भरना होगा। राष्ट्रीय महिला आयोग की वेबसाइट पर उपलब्ध फॉर्म में महिला को अपना नाम, पता, फोन नंबर, जन्मतिथि, और घटना की विस्तार से जानकारी देनी होगी।

यदि केस पहले से किसी न्यायालय में चल रहा है तो उससे संबंधति जानकारी उपलब्ध करानी होगी। आयोग द्वारा महिला को मुफ्त कानूनी सलाह मुहैया करवाई जाती है। आयोग में शिकायत दर्ज होती है तो राष्ट्रीय महिला आयोग की तरफ से एक शिकायत नंबर, ऑनलाइन शिकायत करने पर लॉग इन आईडी दी जाती है। शिकायत स्वीकार की गई है या नहीं उसको पुख्ता करने के लिए आयोग द्वारा प्राप्त शिकायत नंबर और आईडी से इसे कन्फर्म किया जा सकता है। शिकायतकर्ता टेलीफोन और व्यक्तिगत रूप से राष्ट्रीय महिला आयोग में जाकर अपनी शिकायत में हुई कार्रवाई के बारे में जानकारी प्राप्त कर सकती है।  

शिकायत दर्ज कराते समय आवश्यक सूचना
राष्ट्रीय महिला आयोग में शिकायत करने के लिए एक प्रार्थना पत्र दिया जा सकता है। राष्ट्रीय महिला आयोग में शिकायत दर्ज कराने के लिए कुछ संबंधित दस्तावेजों की आवश्यकता होती है। राष्ट्रीय महिला आयोग में शिकायत दर्ज करने के लिए घटना से जुड़ी पूरी जानकारी उससे जुड़े साक्ष्य, घटना से संबंधित कागज, स्वयं और जिसके खिलाफ शिकायत दर्ज की गई है उसके बारें में पूरी जानकारी उपलब्ध करानी होगी।